東京都 国立市に住む少年 埆 明一（きそう あきいち）は、科学と発明が大好きで日夜毎日試行錯誤しながらも実験したり発明品を作ったりしている。
明一は、いつの日かすごい発明品を作って世の中を豊かにするという夢を抱いている。そして、もう一つはご先祖様の埆 幾三郎（きそう いくさぶろう）みたいなすごい発明家になるのを目標にし発明を作り続けている。そのせいか、友達から「キミョー」と呼ばれている。
しかし、埆幾三郎は罪人扱いをされていた。それは、第一次世界大戦時、幾三郎の天才的頭脳に見込み政府と軍は強力な核爆弾を作るように命じたのだ。しかし、幾三郎は恐ろしい兵器を作るのを断り続けた結果、戦争反対の罪に問われたのだ。
今の時代にいる世間は、幾三郎の存在を全く知らない。そんな時、夢の中で幾三郎が話していた事を覚えていながら父親に話すと古めかしい三冊の本を出してくれたのだ。
その名も「奇想摩訶不思議百科事典」。この百科事典は生前、幾三郎が考えた不思議な発明品を書き記したすごい代物だった。
明一は、幾三郎が残してくれた「奇想魔訶不思議百科事典」を使って数々の発明品を作る。人の為に役に立つ物やドタバタ騒動になる物など、先祖が書き残した発明品が少年の手によって蘇る少し不思議な物語。
